Наиболее высокую опасность и последствия представляют скотомогильники, которые являются очагами сибирской язвы. Инфекция из них способна проникать в подземные воды, реки, озера, заражая людей и животных.
Кроме того, неутилизированные биоотходы в процессе гниения образуют биогаз, который опасен для здоровья человека, вплоть до летальных случаев. На свалках, где размещают биоотходы, обитает много разных животных: от насекомых и грызунов до бродячих собак и ворон, которые, безусловно, являются впоследствии переносчиками опасных заболеваний.
Кроме того, в процессе гниения выделяется трупный яд (смертельно опасный для любого живого организма). Скотомогильники на многие десятилетия отравляют плодородный слой почвы, которые в результате исключаются из сельскохозяйственного оборота. На них также запрещено пасти животных.
Биологические отходы не входят в перечень ФККО, обращение с ними регулируется особыми нормами законодательства. После утилизации таких отходов образуется остаток, который проходит в параграфе №7 ФККО.